《刺客信条》系列游戏的故事背景设定在历史上的不同时期，讲述了刺客组织和圣殿骑士团之间的斗争。而《刺客信条：兄弟会》是系列游戏中的一部分，讲述的是主角艾吉奥·奥迪托雷在意大利文艺复兴时期加入刺客组织，并与圣殿骑士团展开一系列斗争的故事。

在游戏的结局中，艾吉奥最终成功地打败了圣殿骑士团的首领罗德里戈·波吉亚，并将波吉亚家族的掌控权交给了教皇。艾吉奥也在故事的最后与他的导师、刺客组织的领袖马里奥·奥迪托雷重逢，马里奥也承认了艾吉奥是他的一位杰出学生，并称赞了他在斗争中的表现。

然而，故事的结局并不是这样结束的。在游戏的剧情中，艾吉奥所面临的威胁并不仅仅来自圣殿骑士团，还有来自另一个组织——The Instruments of the First Will。这个组织出现在游戏的最后阶段，他们试图利用一件名为“苏菲的钥匙”的神器来改变历史的进程。而艾吉奥也意识到，这个组织才是真正的威胁，他必须继续保持警惕。

因此，游戏的结局并不是一个完美的结局，虽然艾吉奥打败了波吉亚家族，但是他面临的威胁并没有结束。在后续的游戏中，The Instruments of the First Will成为了主要的敌人，并且艾吉奥也一直在为保护人类的自由而战斗。