1999年本科毕业的学生想要认证自己的学历，需要注意以下几点：

首先，需要准备好自己的毕业证书和学位证书。这两个证书是认证学历的关键证明材料，务必保证证书的真实性和完整性。

其次，可以通过学校办理认证手续。不同学校可能有不同的认证流程和要求，需要提前了解清楚。一般来说，学生可以先联系自己的母校，向学校提交相关材料，由学校出具认证证明。

此外，还可以通过国家教育部门或认证机构办理认证手续。国家教育部门认证需要向教育部门提供原始的毕业证书和学位证书，以及本人身份证明材料；认证机构则需要向其提供相关材料并缴纳一定的费用。

需要注意的是，认证学历可以增加自己的求职竞争力，但也要警惕一些不法机构的虚假认证服务。应该选择正规的认证机构，以保证认证结果的真实性。