性状分离是指同一物种中的个体在某些性状上表现出不同的表现型。其根本原因是遗传学中的基因型与表现型之间的关系。在物种繁殖过程中，基因是遗传信息的载体，而表现型则是基因表达的结果。然而，一个基因可以有不同的等位基因，这些等位基因可以影响同一性状的表现。因此，在同一物种中，个体之间的基因型差异会导致性状表现的差异。

例如，对于人类眼睛颜色的遗传，有两个等位基因，一个是黑色素沉着基因，另一个是稀释基因。黑色素沉着基因可以使黑色素的产生增加，而稀释基因则会使黑色素的产生减少。因此，一个人的眼睛颜色是由这两个基因的等位基因决定的。

另外，环境因素也会影响性状的表现。例如，温度、光照和营养等环境因素都可能影响基因的表达，进而影响性状的表现。因此，在同一物种中，个体之间的环境条件差异也会导致性状表现的差异。

总之，性状分离的根本原因是基因型与表现型之间的复杂关系，包括基因型的差异和环境因素的影响。深入研究这些关系，对于深入理解生物学中的遗传规律和生物多样性具有重要意义。