郑耀先是一位著名的物理学家，他在量子物理和相对论领域有着深厚的造诣。然而，在中国文化大革命期间，他被批斗和迫害，直到1979年才被平反。但是，他的学术成就和贡献并没有得到组织的认可。

直到1980年代末期，随着中国改革开放的深入，郑耀先的学术地位开始得到重视。他的研究成果得到了国际学术界的高度评价，他也逐渐被国内学术界和政府所认可。

1999年，郑耀先被选为中国科学院院士，并成为中国科学院物理研究所的名誉所长。这也是组织首次正式认可他的学术成就和地位。

此后，郑耀先受到了更多的荣誉和表彰。他获得了国家最高科学技术奖、国际物理学会的狄拉克奖等重要奖项，也被选为多个国际科学组织的会士。

可以说，郑耀先最后被组织认可了，他的学术成就和贡献得到了应有的尊重和崇高的地位。他的故事也反映出中国科学事业的发展历程和变化，以及对学术自由和学者权益的不断保障和尊重。