机票发票和行程单都是出行时需要保留的重要凭证，但是在报销时应该选择哪一个呢？下面我们来具体分析一下。

首先，机票发票是指购买机票时所开具的发票，在此发票上包含了购票人的姓名、身份证号码、机票价格等信息。机票发票是机票的购买凭证，同时也是报销凭证之一。如果您在出差时购买了机票，那么机票发票是必须保留的，因为报销部门需要根据机票发票来核算您的交通费用。

其次，行程单是指旅游公司或航空公司在行程结束后所提供的一份详细行程信息单，包括日期、航班号、航班时间、出发地、目的地等。行程单是旅游公司或航空公司提供的服务凭证，通常可以作为旅游费用报销的依据之一。如果您在出差时使用了旅游公司的服务，那么一定需要保留行程单，以便于报销时提供相关证明。

综上所述，机票发票和行程单都是出行时需要保留的重要凭证，但是在报销时应该选择哪一个，需要根据具体情况而定。如果您在出差时购买了机票，那么机票发票是必须保留的；如果您使用了旅游公司的服务，那么行程单也是必须保留的。当然，如果您有机票发票和行程单都可以提供的情况下，最好都一起提交，以免遗漏重要信息，影响报销进度。