水果店作为一个零售行业，在市场中竞争激烈。与竞争对手相比，该企业的主要劣势在于以下几个方面。

首先，水果店可能在货品的种类和质量上存在一定的短板。由于水果的季节性和地域性，水果店可能无法在所有时间和地区都提供丰富多样的水果。与此同时，如果水果店无法及时更新货源或者采购渠道不稳定，就可能导致水果质量不如竞争对手，从而影响顾客的购买体验。

其次，水果店在价格上可能处于劣势。与大型超市或者电商平台相比，水果店的规模较小，采购的数量相对较少，难以享受到批量采购的优惠，因此商品价格可能会偏高。而对于价格敏感的消费者而言，他们可能会选择其他渠道购买同样的水果，从而对水果店造成竞争压力。

第三，水果店在服务上可能也存在一定的不足。与电商平台相比，水果店的营业时间可能相对较短，无法满足所有消费者的需求。此外，如果水果店的服务态度不够热情、专业，或者不能及时解决消费者的问题，就可能导致顾客流失，影响企业的口碑和品牌形象。

综上所述，水果店相对于竞争对手的主要劣势在于货品的种类和质量、价格以及服务等方面。因此，水果店需要认真思考如何优化自身的经营策略，提高货品质量和服务质量，降低价格，从而提高竞争力，赢得更多消费者的青睐。