机要档案是保密性质极高的重要文件，其涉及的内容涵盖了国家安全和重要利益。如果机要档案跨省时被退回，将会对保密工作造成严重影响。因此，必须积极采取措施解决问题。

首先，需要及时了解退回原因。如果是因为文件不全或格式不规范，应该尽快补充完善。如果是因为涉及到敏感信息而被拒绝，就需要与相关部门进行沟通，寻求解决方案。同时，也要注意保密工作，确保信息的安全。

其次，可以考虑寻求法律援助。如果退回的原因是不合法的，可以通过法律途径来维护自己的权益。可以咨询律师或相关部门，寻求法律援助，以便能够更好地维护自己的权益。

最后，还要注意加强内部管理。机要档案的保密工作是一个复杂而严肃的工作，必须建立完善的内部管理制度，确保机要档案的安全和保密。对于跨省传递的机要档案，更要加强管理，尽可能减少出现问题的可能性。

总之，机要档案跨省被退回是一件非常严重的事情，需要采取一系列的措施来解决问题。只有加强内部管理、寻求法律援助、保证信息的安全，才能更好地维护国家安全和重要利益。