京东自营旗舰店和旗舰店的区别，主要体现在以下几个方面：

首先，京东自营旗舰店是由京东自己经营的店铺，所有商品都是由京东自己采购、仓储和销售。而旗舰店则是由品牌商家或授权经销商经营的店铺，销售的商品是由品牌商家或授权经销商提供的。

其次，京东自营旗舰店的商品质量和售后服务都由京东自己负责，消费者可以享受到更加安心的购物体验。而旗舰店由品牌商家或授权经销商负责售后服务，消费者需要根据品牌商家或授权经销商的规定进行售后服务。

第三，京东自营旗舰店的商品价格相对更加透明和公平，因为京东自己掌握着商品的采购和销售渠道，没有中间商赚差价。而旗舰店的商品价格由品牌商家或授权经销商自行决定，可能存在价格差异。

第四，京东自营旗舰店在商品品质和售后服务方面有更严格的管理和监督，因为这关系到京东自身的声誉和形象。而旗舰店则相对自由，品质和售后服务可能存在差异。

总之，京东自营旗舰店和旗舰店各有优劣，消费者可以根据自己的需求和偏好进行选择。如果追求商品品质和售后服务的可靠性，可以选择京东自营旗舰店；如果追求品牌和产品的专业性和多样性，可以选择旗舰店。