甲基蓝和亚甲基蓝都是常用的鱼类治疗药物，但它们的作用机理和使用方法有所不同。

甲基蓝是一种有机染料，具有抗菌、抗寄生虫和预防感染等作用。它可以通过鱼体内的血红蛋白结合，形成复合物，从而起到抗菌和抗寄生虫的作用。甲基蓝的使用方法是将药物溶解在水中，然后将鱼放入药浴液中进行浸泡治疗。

亚甲基蓝也是一种有机染料，但与甲基蓝不同的是，它更多地用于治疗真菌感染和鱼类寄生虫。亚甲基蓝具有较强的抗真菌和抗寄生虫作用，能够杀灭鱼体内的真菌和寄生虫。亚甲基蓝的使用方法与甲基蓝类似，也需要将药物溶解在水中，然后将鱼放入药浴液中进行浸泡治疗。

综合来看，甲基蓝和亚甲基蓝都是有效的鱼类治疗药物，但它们的作用对象和使用方法有所不同。如果鱼类患有细菌感染或寄生虫感染，建议使用甲基蓝进行治疗；如果鱼类患有真菌感染或寄生虫感染，建议使用亚甲基蓝进行治疗。在使用药物时，需要按照药品说明书的指导进行使用，以避免药物过量或使用不当导致的副作用和安全风险。