半夜子时出生的男孩，根据中国传统五行学说，他的生辰八字缺乏的是金元素。

五行学说认为，人的生辰八字由年、月、日、时四个要素组成，每个要素对应五行之一，分别是木、火、土、金、水。而每个人的八字组合不同，五行的相生相克关系也不同，从而影响着一个人的性格、命运和健康等方面。

对于半夜子时出生的男孩来说，他的时辰是子时，对应着水元素。但是，他的八字中缺乏金元素，这意味着他缺乏金所代表的坚强、果断、自信和进取的品质。同时，金元素还与肺部、呼吸系统、皮肤等器官和部位有关，因此他也容易出现这些方面的健康问题。

那么，如何补足金元素呢？五行学说中有“生我者我生，克我者我克”的原则，即通过相生相克的关系来调整五行的平衡。对于缺乏金元素的男孩来说，可以通过增加木元素来生金，如多接触绿色植物、穿着绿色衣物等。同时，也可以通过减少水元素来克水，如避免接触过多的水、避开湿润的环境等。

总之，半夜子时出生的男孩缺乏金元素，需要通过五行相生相克的方法来调整五行平衡，从而达到身心健康和命运顺遂的目的。