秦岭淮河一线南北两侧的地理差异主要表现在地形、气候、水文等方面。

首先，南北两侧的地形有明显差异。南侧地势相对平缓，逐渐向东南方向倾斜，丘陵和低山丘陵分布较为密集，山势平缓，山脊交错，沟壑纵横。北侧地势较为陡峭，山峦起伏，山峰密布，特别是西北部地区，山峰高耸，山峰之间峡谷深邃，形成了壮美的山峦景观。

其次，南北两侧的气候也有显著差异。南侧属于亚热带季风气候，年平均气温较高，降雨充沛，季节性明显。北侧属于温带大陆性气候，年平均气温较低，四季分明，降雨量不足。

此外，南北两侧的水文条件也存在差异。南侧河流丰富，河谷平缓，洪水易于排泄，降雨后水土流失问题比较突出。北侧河流较少，河谷峡谷纵横，洪水容易造成严重的灾害，但水土保持能力较强。

总体来看，南北两侧的地理差异主要是由地形、气候、水文等因素所造成的。这些差异不仅影响了当地的自然环境和人居条件，还给地方经济和社会发展带来了不同的挑战和机遇。