中性硅酮耐候胶和结构胶都是常见的建筑密封材料，但它们在性质和用途上有一些不同。

首先，中性硅酮耐候胶是一种具有良好耐候性能的密封材料，它可以在室温下快速硬化并形成弹性体，具有良好的粘结性和耐化学腐蚀性。它的主要用途是在室内外建筑、玻璃幕墙、铝塑板、金属幕墙、门窗、水泥基材、石材等各种建筑材料之间进行密封和粘接。

而结构胶则是一种具有高强度粘结功能的密封材料，它可以在室温下快速硬化并形成高强度的粘结。结构胶的主要用途是在建筑、汽车、机械等领域中进行结构性粘接，比如连接金属构件、玻璃、陶瓷、石材等材料。与中性硅酮耐候胶相比，结构胶更强调其高强度的粘接能力。

此外，中性硅酮耐候胶和结构胶在成分上也有所不同。中性硅酮耐候胶主要由硅酮、填充剂、助剂、稀释剂等组成，而结构胶则主要由双组分环氧树脂、填充剂、固化剂等组成。

综上所述，中性硅酮耐候胶和结构胶在性质和用途上存在差别。建筑领域中，中性硅酮耐候胶主要用于密封和粘接，而结构胶则主要用于结构性粘接。因此，在选择使用时应根据具体情况和需求进行选择。