丙酰芸苔素内酯和芸苔素内酯是两种不同的化合物，它们在分子结构和化学性质上都存在差异。

首先，从分子结构上看，丙酰芸苔素内酯和芸苔素内酯的分子式分别为C22H20O10和C22H20O9，它们的分子量也不同，前者为444.39，后者为416.39。这说明它们的分子中含有不同的原子和键，导致它们的性质不同。

其次，从化学性质上看，丙酰芸苔素内酯和芸苔素内酯的反应性也不同。丙酰芸苔素内酯具有较强的酸性，能够与碱反应生成相应的盐。而芸苔素内酯则没有这个性质。此外，丙酰芸苔素内酯还具有一定的亲水性，易溶于水，而芸苔素内酯则不易溶于水。

最后，丙酰芸苔素内酯和芸苔素内酯还具有不同的生物活性。丙酰芸苔素内酯是一种广谱的植物生长调节剂，可以促进植物的生长和发育。而芸苔素内酯则是一种天然的抗癌物质，具有抑制肿瘤细胞生长的作用。

综上所述，丙酰芸苔素内酯和芸苔素内酯是两种不同的化合物，它们的分子结构、化学性质和生物活性都存在差异。对于不同的应用领域，要选择适合的化合物，以达到最佳的效果。