《雷神2：黑暗世界》的故事发生在漫威电影宇宙的第二阶段。具体时间是在《复仇者联盟》之后，洛基被送回阿斯加德监禁之前。

故事开始时，索尔正在阿斯加德与他的朋友们一起重建他的家园。同时，他也在思考他与简·福斯特之间的关系问题。然而，当一股黑暗力量威胁到宇宙的安全时，他必须离开阿斯加德去寻找解决办法。

这股黑暗力量由马勒基斯和她的手下所掌控。他们正在寻找一种古老的能量，称为埃特尔力量。这种力量可以毁灭整个宇宙，因此索尔和他的盟友必须联手对抗他们，阻止他们完成计划。

在这个过程中，索尔不得不与洛基合作，因为只有他才能帮助索尔找到马勒基斯的藏身之处。然而，洛基的动机并不清楚，他似乎有自己的计划。

最终，索尔和他的盟友成功地击败了马勒基斯和她的手下，阻止了他们的计划。然而，在这个过程中，索尔付出了巨大的代价，他失去了他的父亲奥丁。

故事的结尾，索尔回到地球，与简·福斯特和他的盟友们团聚。同时，洛基似乎已经死亡，但他的命运仍然是一个谜。