深圳市车牌的归属单位是深圳市交通运输局。深圳市交通运输局是深圳市政府的部门之一，负责制定和实施深圳市的交通运输规划和政策，管理和监督城市交通运输的安全、秩序和服务质量。车牌的归属单位是由交通运输局的车辆管理部门进行管理，负责车牌的发放、管理和监督。所有在深圳市行驶的车辆都需要在交通运输局的车辆管理部门注册，领取车牌并定期进行年检。因此，深圳市车牌的归属单位是深圳市交通运输局。
